东大寺与权力巨大的平家一门在经营庄园方面不断产生摩擦。
治承四年(1180)，源赖政奉命举兵，兴福寺、东大寺众徒与三井寺的众徒联手抗击，终被击败，东大寺大半毁于兵火，卢舍那大佛因大佛殿烧毁而大损。
战国时代的永禄十年(公元1567年)，发生三好、松永之乱，大佛殿再次被烧毁，卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座受损严重。
由于东大寺各地庄园已归武士所有，堺(在大坂附近)和兵库港的关税也不能征收，经济陷入危机。
直至江户时代中期，卢舍那佛百余年间仍裸露在外，遭受风雨的侵蚀。在公庆上人奔走之下，元禄五年(公元1692年)大佛修复完工，举行了开眼供养大法会。法会规模宏大，并与万僧供养法会同时进行，持续达一月之久。当时参加的僧众二十余万人，结缘之人更是不计其数。宝永六年(1709)举行大佛殿落成法会。其后大佛殿虽经过明治、昭和时代的大修，规模趋小，但它仍是世界上最大的木结构建筑。
东大寺的建筑名胜以大佛殿(金堂)为中心。在中门与南大门之间有东、西七重塔;北有讲堂、三面僧房、食堂，西有戒坛院，西北是正仓院、转害门;东侧有二月堂、羂索院(法华堂)、开山堂等。寺域广阔，规模宏大。
在奈良时代的日本，《华严经》广受尊崇。除知识寺内有卢舍那大佛外，大安寺内也有依据《华严经》而作的数幅画像。天平十二年(公元740年)，大安寺新罗僧审祥受邀到金钟寺宣讲六十卷本《华严经》达三年之久。金钟寺是华严寺的前身，是日本最早宣讲《华严经》的寺院。
金钟寺是神龟五年(公元728年)为纪念未满周岁即夭折的皇太子基亲王而建。当时这座寺里常住僧仅9人，进行《华严经》讲座等教理研究，还举行十一面观音、千手观音等古密教信仰活动。天平十七年(公元745年)始建大佛，金钟寺被纳入东大寺大伽蓝。
羂索堂的本尊与十一面观音、千手观音一样，同属于密教的变化观音，从这一点上，可以看出继承了金钟寺时代以来的传统。羂索堂及羂索院之名，均缘于本尊。所以在这里进行宗教活动的人被称为“羂索堂众“，这种独特的称呼保持了相当长的时期。每年在位于法华堂北侧举行的修二会(取水节)，是以十一面观音为本尊，忏悔罪障，祈求天下太平、五谷丰登的法会。据最新的研究结果表明，它并不是国家明令进行的法会，而是以实忠和尚为首的羂索堂众表达信仰的一种方式。由于每年旧历三月在羂索堂举行“法华会“，所以法华堂又称三月堂。
二月堂之名缘于旧历二月举行的修二会。二月堂东北相传有由行基菩萨(公元668-749年，奈良时代高僧，致力于民间弘教及社会福利事业)创建的天地院，吉祥堂、如法院、千手堂点缀左右。
法华堂作为华严宗的根本道场，是东大寺诸堂中非常重要的殿宇。时至今日，东大寺在选拔学僧时，仍在这里进行“竖义研学“(口试)仪式。二月堂是有名的观音道场，不仅修二会期间，而且一年四季香客不断。这些传统都始于金钟寺时代。
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